Það eru nægar sannanir sem styðja öryggi þess að bæta litlu magni af fosfórsýru í matvæli. Þess vegna ætti að nota 0.01-0.02 prósent sem klóbindandi efni, andoxunarefni eða "samvirkni" í blöndu af andoxunarefnum ekki að valda heilsufarsáhættu. Notkun fosfórsýru til að bæta upp fyrir skort á sýrustigi í ávöxtum, sem bragðefni og aðrar leiðir, ætti ekki að vera vandamál innan "venjulegs" styrkleikabils náttúrulegra fosfata í matvælum. Hins vegar, ef það fer yfir eðlileg mörk, er fosfórsýra hættulegt efnafræðilegt hvarfefni.
Vegna sýrustigs þess getur fosfat (ortófosfat, metafosfat) ert og skaðað augun staðbundið, en almennt fosfat hefur engin eitrunaráhrif á augun. Þegar það er prófað á mannsauga, jafnað í pH 2,5 við 0.16 M ortófosfat getur valdið í meðallagi og stuttum náladofa, en notkun eins dropa veldur ekki skaða. Að stilla dropa af sömu lausn á pH 3,4 mun ekki valda óþægindum.
Mikill styrkur fosfórsýru getur tært alla vefi í snertingu við hana. Styrkur sem er 75 prósent eða hærri getur valdið alvarlegum brunasárum. Innöndun gufu eða úða getur valdið ertingu í augum, nefi, hálsi og öndunarfærum eða hósta. Eftir inntöku getur það valdið ógleði, uppköstum, kviðverkjum, blóðugum niðurgangi, blóðsýringu, losti, auk ertingar eða bruna á slímhúð í munni og koki, vélinda og maga. Þegar það er notað sem málmhreinsiefni getur fosfórsýra hvarfast við óhreinindi í málminum og losað fosfíngas.